Dez anos depois, Alice atende a um chamado para retornar ao País das Maravilhas, mal reconhecendo o lugar. Da podridão fúngica da Floresta dos Cogumelos à química do Domínio do Chapeleiro Maluco, o País das Maravilhas apodrece até o núcleo. Sem se deixar intimidar pelo ambiente doentio e pelo perigo mortal que a cerca, Alice deve desfazer o caos e se esforça para descobrir o segredo que a assombra. Dos vários reinos do País das Maravilhas, Alice procura respostas.
Em combate, Alice ganha um pequeno número de armas que podem ser usadas de várias maneiras. Sua principal arma (e marca registrada) é a Vorpal Blade, uma faca de cozinha decorada.