Lincoln e Mary Todd saíram para assistir a uma apresentação no Ford's Theatre. A peça era Our American Cousin, uma comédia musical. Enquanto Lincoln estava sentado no camarote, John Wilkes Booth, um ator de Maryland, residente na Virgínia e simpatizante do sul, disparou um único tiro de uma pistola Derringer de tiro redondo na cabeça do presidente e gritou "Sic sempre tyrannis!" ("Então, sempre para os tiranos", lema do estado da Virgínia). Booth pulou da sacada para o palco; O público acreditou que quando ele se levantou estava se curvando, mas a verdade é que ele havia quebrado a perna.
Booth mancou até seu cavalo e conseguiu escapar. O presidente, mortalmente ferido e depois de ser tratado pelo jovem médico militar Charles August Leale, presente no teatro, foi levado para uma casa do outro lado da rua onde entrou em coma até morrer dez horas após o atentado. Booth e vários de seus companheiros (alguns deles foram posteriormente provados inocentes) foram eventualmente capturados e enforcados ou presos. A exceção é o caso de Booth, que foi morto por um policial.
Trem da procissão fúnebre de Lincoln. O corpo de Lincoln foi transportado de trem em uma magnífica procissão fúnebre por vários estados. A nação sofreu por um homem que muitos consideravam o salvador dos Estados Unidos e o protetor e defensor daquilo que o próprio Lincoln chamou de “o governo do povo, pelo povo e para o povo”. Os seus críticos argumentam que foram de facto os confederados que defenderam o direito ao "governo para o povo" e que foi Lincoln quem suprimiu esse direito.
Seus restos mortais repousam no Cemitério Oak Ridge em Springfield, Illinois.